Il rentre en France en juillet 1939 puis est mobilisé en janvier 1940, affecté, près de Montpellier, aux "communications téléphoniques avec magnéto et à fil". En mai et juin 1940, il change d'affectation pour Voreppe, où il participe aux combats contre allemands et italiens pour les empêcher de prendre Grenoble. Après l'Armistice, il est démobilisé pour être placé à la paroisse de Saint-Jacques des Etats-Unis à Lyon, en remplacement de son frère Jean, alors prisonnier. Là, il intègre un milieu plutôt populaire. Son ordination a lieu à la Cathédrale Saint-Jean de Lyon le 21 décembre 1940 ; il célèbre sa première messe le 22 décembre à Saint-Symphorien de Lay. Outre ses fonctions de prêtre à Saint-Jacques, il organise, avec son frère Jean, des "colos" mémorables avec des jeunes de quartiers de Lyon 8ème à Valorges, près de son village natal, et à "La Ruisse", petite ferme acquise par Charles Vignon, père de Louis. Vers 1945, il fait l'acquisition d'une ancienne Dodge de l'armée américaine avec une grande tente "Magalie" ainsi que d'une cuisine roulante, ce qui fait le bonheur de tous les camps qu'il organise. En octobre 1951, il devient Econome du Petit Séminaire Saint-Jean de Lyon. Il parcours également, avec son auto Juva 4, la Palestine, l'Espagne, le Portugal, la Sicile, d'où il ramène une documentation photographique de grande qualité qui lui sert pour ses conférences qu'il réalise sous l'égide de Connaissance du Monde. Ses conférences sont l'occasion pour lui de parcourir la France, Paris, il se produit Salle Pleyel, et même le Maroc. Parallèlement il est nommé curé de Charly en novembre 1954. Son cadre de vie est désormais la séculaire maison curiale de Charly située face à l'église : c'est là que naît sa vocation d'historien de Charly-Vernaison en y découvrant, durant la nuit de Noël 1954, d'anciens manuscrits mystérieux.